Порядок обжалования установлен № 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и ИП». Также Минфин РФ в Письме №03-12-13/36779 напомнил правила обжалования действий налоговой по отказу в госрегистрации.
Решение территориального регистрирующего органа можно обжаловать в вышестоящем регистрирующем органе, в суде и в федеральном органе исполнительной власти.
Но если обращаться сразу в суд, то заявление оставят без рассмотрения — нужно сначала написать в вышестоящий регистрирующий орган (п. 2 ст. 148 АПК РФ и п. 1 ст. 25.2 №ФЗ-129).
Решение об отказе можно обжаловать в течение 3 месяцев после получения или в течение 3 месяцев с момента, когда решение должно было быть принято. Вышестоящий налоговый орган рассмотрит жалобу в течение 15 рабочих дней со дня получения (срок может быть продлён ещё на 10 рабочих дней).
Как подать документ? Жалобу можно подать в тот налоговый орган, чьи действия вы обжалуете. Они уже самостоятельно направят её в вышестоящую инстанцию.
После того, как получено решение от вышестоящего регистрирующего органа, компания уже может обратиться по своему выбору или сразу в суд, или в центральный аппарат ФНС России.
Срок для подачи жалобы в ФНС России — 3 месяца со дня принятия региональным регистрирующим органом решения.
Но, по нашей практике, обжалование решения регионального органа в центральном аппарате ФНС России имеет незначительный эффект. Центральный аппарат чаще поддерживает позицию региона. Чтобы сэкономить силы и время, после получения решения регионального регистрирующего органа мы рекомендуем обращаться сразу в суд.